海洋生物分类、区系和多样性研究是中科院海洋研究所成立以来孕育形成的特色学科。从1950年中国科学院水生生物研究所青岛海洋生物研究室所属的海洋植物组、海洋无脊椎动物组、海洋脊椎动物组3个研究小组，到1957年中国科学院海洋研究所成立时，各自扩大成的相对应的3个研究室，再到1996年合并成一个海洋生物分类与系统演化研究室和海洋生物标本馆，直至2007年系统性地重新组织编建为海洋生物分类与系统演化实验室。汇聚成了一支以中国科学院院士刘瑞玉、郑守仪等为代表的老中青结合的我国海洋生物门类最为齐整、研究力量最为雄厚的海洋生物分类学和生物多样性研究团队，涉及了我国几乎所有重要海洋生物门类的分类研究，是我国海洋生物多样性研究的中心和策源地。迄今，海洋生物分类研究团队已发现海洋生物新物种近1300种，出版专著100多部，其中《中国动物志》28卷、《中国孢子植物志》6卷，发表论文逾1300多篇。成果获国家及省部级奖35项。基本摸清了我国近海海洋生物的物种构成、区系特点和资源状况，为我国海洋科学和社会经济发展做出了重大贡献。

实验室重点开展中国海及西太平洋海洋生物（包括海藻、海洋原生动物、海洋无脊椎动物、海洋鱼类等）的区系分类学、生物地理学、海洋生物多样性的形成和演变机制等重要理论问题；探究海洋生物物种的分子分类学及重要/关键海洋生物类群的系统发育重建，开展以系统发育和生物多样性为基础的进化研究。同时，结合分子生物学及生物信息学的理论和技术，构建海洋生物多样性信息完整、准确的电子信息平台。实验室面向国家需求和学科前沿，本着传承、创新、和谐、发展的基本目标，力争建成为面向全国的海洋生物分类学与系统进化研究的中心和服务平台，培养海洋生物分类的后继人才，为我国海洋生物分类学与进化研究的传承与发展做出其特有的贡献。 

第一节、实验室组建

1、组建背景

1950-59年后：分属海洋植物研究组/室、海洋无脊椎动物研究组/室、海洋脊椎动物研究组/室。

1996 年后：上述三个研究室合并为海洋生物分类区系研究室（海洋生物分类与系统演化研究室）。

2002年后：海洋生物分类与系统演化研究室及所属标本室合并成立中国科学院海洋生物标本馆。

2007年至今：以中国科学院海洋生物标本馆从事分类学研究的科研人员为班底，重新设立了海洋生物分类与系统演化实验室。

历史上各室沿革情况如下：

A．海洋植物研究室

       1950年中国科学院水生生物研究所青岛海洋生物研究室成立时下设植物组的分类形态小组；1954年中国科学院水生生物研究所海洋生物研究室成立时下设植物组的分类形态小组；1957年更名为中国科学院海洋生物研究所后，建立了海洋植物研究室；1959年中国科学院海洋研究所成立，设立了海洋植物研究室；1996年海洋植物研究室（六室）合并到海洋生物分类与系统演化研究室；2002年归入中国科学院海洋生物标本馆；2007年至今整合入海洋生物分类与系统演化实验室。

B．海洋无脊椎动物研究室

      1950年组建中国科学院水生生物研究所青岛海洋生物研究室时下设海洋无脊椎研究组；1954年中科院水生生物研究所海洋生物研究室成立时下设海洋无脊椎研究组；1957年更名为中国科学院海洋生物研究所；1959年成立中国科学院海洋研究所的同时成立了海洋无脊椎研究室，下设有软体动物分类组、甲壳动物分类组、棘皮动物分类组、多毛动物分类组、原生动物分类组、附着生物组、底栖生物组、底栖生物组、潮间带生物生态组、浮游生物生态组共9个组。文革后研究室对外称七室（海洋无脊椎动物研究室），下设业务组有：分类一组（原软体动物组）、分类二组（原甲壳动物组）、沉积生物组（原生动物组）、浮游生物组、底栖生物组、对虾养殖生态组、贝类养殖生态组。1996年海洋无脊椎动物研究室（七室）合并到海洋生物分类与系统演化研究室；2002年归入中国科学院海洋生物标本馆；2007年整合入海洋生物分类与系统演化实验室。

C．海洋脊椎动物研究室

      1950年组建中国科学院水生生物研究所青岛海洋生物研究室时下设海洋鱼类研究组；1954年中科院水生生物研究所海洋生物研究室成立时下设海洋鱼类研究组；1957年成立中国科学院海洋生物研究所；1959年成立中国科学院海洋研究所的同时，扩大成立了海洋脊椎动物研究室；1996年海洋脊椎动物研究室（八室）合并到海洋生物分类与系统演化研究室；2002年归入中国科学院海洋生物标本馆；2007年至今整合入海洋生物分类与系统演化实验室。

D．海洋生物分类与系统演化研究室

      1996年，随着海洋所学科调整，将原有的海洋植物研究室（六室）、海洋无脊椎动物研究室（七室）和海洋脊椎动物研究室（八室）合并新成立的海洋生物分类与系统演化研究室。2002年并入中国科学院海洋生物标本馆，2007年至今整合入新成立的海洋生物分类与系统演化实验室。

E．海洋生物分类与系统演化实验室

    2007年至今，以中国科学院海洋生物标本馆从事分类学研究的科研人员为班底，重新设立了海洋生物分类与系统演化实验室。

2、主要学科方向

    海洋生物分类与系统演化实验室重点开展中国海及西太平洋海洋生物（包括海藻、海洋原生动物、海洋无脊椎动物、海洋鱼类等）的区系分类学、生物地理学与生物多样研究，开展海洋生物物种的分子分类学及重要/关键海洋类群的系统发育重建。具体如下：

1）海洋生物分类学：研究中国海及相邻海域生物分类、区系、物种形态和分子变异特点，探讨区系的起源、形成及演化规律，探索利用分子标记进行生物物种的分子分类学研究。

2）海洋生物多样性和生物地理学：探索利用新技术手段，研究中国海洋生物（尤其是微型、小型和大型底栖生物）的多样性和生物地理学特点、群落构成及演变机制、环境胁迫状况与保护策略，以及外来入侵种的影响。

3）重要生物类群的系统发育重建与分子进化：结合分子生物学技术，解决海洋生物分类学中的疑难问题，为系统发育及进化研究提供分子水平的依据。

4）海洋生物标本资源的整合及信息平台建设：依托我国海洋生物标本入藏量最大、物种数量最多的中国科学院海洋生物标本馆，结合分子生物学及生物信息学的理论和技术，构建海洋生物多样性信息完整、准确的信息平台。 

3、队伍构成

    海洋生物分类与系统演化实验室现有人员35名，其中中国科学院院士1人，研究员6人，副研究员及高级工程师7人，中级职称人员21人（含博士后）。

实验室另有博士和硕士研究生14人。 

第二节、 管理运行机制

    实验室主任徐奎栋（任期自2007年11月至今），负责全室的科研和管理工作、学科与队伍建设及研究生的招生与培养；副主任王少青（任期自2007年11月至今），主要负责实验室的行政管理，兼顾标本馆的建设与管理。

第三节、 开放与实验条件

实验室建有分类学、分子系统发育和底栖生物多样性3个研究平台：

1）分类学平台拥有高级生物显微镜5台，高级体视显微镜10余台。

2）分子系统发育平台配有设施完善的适用仪器设备：PCR仪数台、超低温冰箱、凝胶成像电泳、高速离心机、恒温摇床、超声波清洗仪、超净工作台、电泳仪、脱色摇床、电子天平、恒温箱、水浴锅、离心机等。可进行海洋分子进化和系统学研究以及DNA barcoding的研究与发展。

3）底栖生物多样性研究平台配有可进行样品采集与分拣、提取、染色、制片等所需的各种设施及设备。